Проведение губернской реформы на Левобережной Украине в 1783—1785 гг. привело к изменению полкового устройства (бывших полков и сотен) на общее для Российской империи административное деление на губернии и уезды, окончательному установлению крепостного права и уравнению в правах казацкой старшины с российским дворянством. С заключением Кючук-Кайнарджийского договора (1774) Россия получила выход в Чёрное море и Крым. На западе ослабленная Речь Посполита была на грани разделов.

Таким образом, дальнейшая необходимость в сохранении присутствия Запорожских казаков на их исторической родине для охраны южных российских границ отпала. В то же время их традиционный образ жизни часто приводил к конфликтам с российскими властями. После неоднократных погромов сербских поселенцев, а также в связи с поддержкой казаками Пугачёвского восстания, Екатерина II приказала расформировать Запорожскую Сечь, что и было исполнено по приказу Григория Потёмкина об усмирении запорожских казаков генералом Петром Текели в июне 1775 года.

Сечь была расформирована, а потом сама крепость уничтожена. Большинство казаков было распущено, но через 15 лет о них вспомнили и создали Войско Верных Запорожцев, впоследствии Черноморское казачье войско, а в 1792 году Екатерина подписывает манифест, который дарит им Кубань на вечное пользование, куда казаки и переселились, основав город Екатеринодар.

Реформы на Дону создали войсковое гражданское правительство по образцу губернских администраций центральной России.