На момент взошествия на престол Екатерины II продолжал оставаться в живых в заключении в Шлиссельбургской крепости бывший российский император Иван VI. В 1764 году подпоручик В. Я. Мирович, несший караульную службу в Шлиссельбургской крепости, склонил на свою сторону часть гарнизона, чтобы освободить Ивана. Стражники, однако, в соответствии с данными им инструкциями закололи узника, а сам Мирович был арестован и казнён.

В 1771 году в Москве произошла крупная эпидемия чумы, осложнённая народными волнениями в Москве, получившими название Чумной бунт. Восставшие разгромили Чудов монастырь в Кремле. На другой день толпа взяла приступом Донской монастырь, убила скрывавшегося в нём архиепископа Амвросия, принялась громить карантинные заставы и дома знати. На подавление восстания были направлены войска под командованием Г. Г. Орлова. После трехдневных боев бунт был подавлен.