Хотя Иван назывался «старшим царём», он практически никогда напрямую не занимался государственными делами, кроме ритуальных церемоний, требовавших участия царя, и целиком посвятил себя семье.

   С 1682 по 1689 год правила Софья, в 1689 году фактическая власть перешла к клану Нарышкиных, номинально возглавляемому царицей Натальей Кирилловной, после смерти которой в 1694 году власть сосредотачивается в руках Петра.

   Иван Алексеевич прожил дольше всех отпрысков мужского пола царицы Марии Ильиничны, но уже к 27 годам он был совсем дряхлым, плохо видел и был поражён параличом.

   На 30-м году жизни, 29 января (8 февраля) 1696, скончался скоропостижно в Москве и похоронен в Архангельском соборе Московского Кремля.