Историк-монархист С.С. Ольденбург, будучи в эмиграции, утверждал в своём апологетическом труде^[19], что ещё в 1895 году император предвидел возможность столкновения с Японией за преобладание на Дальнем Востоке, и потому готовился к этой борьбе — как в дипломатическом, так и в военном отношении. В 1898 году он обратился к правительствам Европы с предложениями подписать соглашения о сохранении всеобщего мира и установлении пределов постоянного роста вооружений. В 1899 и 1907 годах состоялись Гаагские конференции мира, отдельные решения которых действуют и по сей день. По его инициативе и при его поддержке в 1899 году прошла Первая Всемирная Конференция мира для обсуждения вопросов сохранения мира и сокращения вооружений. После этого был учреждён Постоянный арбитражный суд — первый суд в Гааге.

В 1900 году Николай II отправил русские войска на подавление Ихэтуаньского восстания совместно с войсками других европейских держав, Японии и США.

Аренда Россией Ляодунского полуострова, постройка Китайско-Восточной железной дороги и основание морской базы в Порт-Артуре, растущее влияние России в Манчжурии сталкивались с устремлениями Японии, которая также претендовала на Манчжурию.

24 января 1904 года японский посол вручил русскому министру иностранных дел В.Н. Ламздорфу ноту, которая извещала о прекращения переговоров, которые Япония полагала «бесполезными», о разрыве дипломатических сношений с Россией; Япония отзывала свою дипломатическую миссию из Петербурга и оставляла за собой право прибегнуть для защиты своих интересов к «независимым действиям», какие она сочтёт нужными. Вечером 26 января японский флот без объявления войны атаковал порт-артурскую эскадру. Высочайший манифест, данный Николаем II 27 января 1904 года, объявлял Японии войну.

За пограничным сражением на реке Ялу последовали сражения под Ляояном, на реке Шахэ и под Сандепу. После крупного сражения в феврале — марте 1905 года, русская армия оставила Мукден.

Исход войны решило морское сражение при Цусиме в мае 1905 года, которое завершилось полным поражением русского флота. 23 мая 1905 года император получил, чрез посла США в Петербурге, предложение президента Т. Рузвельта о посредничестве для заключения мира. Тяжёлое положение русского правительства после русско-японской войны побудили германскую дипломатию сделать в июле 1905 года ещё одну попытку оторвать Россию от Франции и заключить русско-германский союз: Вильгельм II предложил Николаю II встретиться в июле 1905 года в финляндских шхерах, около острова Бьёрке. Николай согласился, и на встрече подписал договор; вернувшись в Петербург, отказался от него, так как 23 августа (5 сентября) 1905 года в ПортсмутеС.Ю. Витте и Р.Р. Розеном был подписан мирный договор. По условиям последнего, Россия признала Корею сферой влияния Японии, уступала Японии Южный Сахалин и права на Ляодунский полуостров с городами Порт-Артур и Дальний. русскими представителями

Американский исследователь эпохи Т. Деннетт в 1925 году утверждал: «Мало кто теперь считает, что Япония была лишена плодов предстоявших побед. Преобладает обратное мнение. Многие полагают, что Япония была истощена уже к концу мая, и что только заключение мира спасло ее от крушения или полного поражения в столкновении с Россией.»^[20]

Поражение в русско-японской войне (первое за полвека) и последующее подавление смуты 1905—1907 гг. (впоследствии усугубившееся появлением при дворе Распутина) привели к падению авторитета императора в правящих и интеллигентских кругах^[21].