Бывший членом Святейшего Синода в предреволюционные годы протопресвитер Георгий Шавельский (тесно общался с императором в Ставке во время мировой войны), находясь в эмиграции, свидетельствовал о «смиренной, простой и непосредственной» религиозности царя^[56], о неукоснительном посещении им воскресных и праздничных богослужений^[57], о «щедром излиянии многих благодеяний для Церкви»^[58]. О его «искренней набожности, проявляемой при всяком богослужении» писал также оппозиционный политик начала XX века В.П. Обнинский^[59]. Генерал А.А. Мосолов отмечал: «Царь вдумчиво относился к своему сану помазанника Божия. Надо было видеть, с каким вниманием он рассматривал просьбы о помиловании осуждённых на смертную казнь. <…> Он воспринял от отца, которого почитал и которому старался подражать даже в житейских мелочах, незыблемую веру в судьбоносность своей власти. Его призвание исходило от Бога. Он ответствовал за свои действия только пред совестью и Всевышним. <…> Царь отвечал пред совестью и руководился интуициею, инстинктом, тем непонятным, которое ныне зовут подсознанием <…>. Он склонялся лишь пред стихийным, иррациональным, а иногда и противным разуму, пред невесомым, пред своим, всё возрастающим мистицизмом.»^[60] Сенатор Вл. Гурко почёркивал: «Представление Николая II о пределах власти русского самодержца было во все времена превратное. <…> Видя в себе, прежде всего, помазанника Божьего, он почитал всякое свое решение законным и по существу правильным. „Такова моя воля", — была фраза, неоднократно слетавшая с его уст и долженствовавшая, по его представлению, прекратить всякие возражения против высказанного им предположения. Regis voluntas suprema lex esto^[61] — вот та формула, которой он был проникнут насквозь. Это было не убеждение, это была религия. <…> Игнорирование закона, непризнание ни существующих правил, ни укоренившихся обычаев было одной из отличительных черт последнего русского самодержца.»^[62] Таким воззрением на характер и природу своей власти, по мнению Гурко, обусловливалась и степень благорасположения императора к своим ближайшими сотрудникам: «Он расходился с министрами не на почве разногласий в понимании порядка управления той или иной отраслью государственного строя, а, лишь оттого, если глава какого-нибудь ведомства проявлял чрезмерное доброжелательство к общественности, а, особенно, если он не хотел и не мог признать царскую власть во всех случаях безграничной. <…> В большинстве случаев разномыслие между Царём и его министрами сводились к тому, что министры отстаивали законность, а Царь настаивал на своем всесилии. В результате сохраняли расположение Государя лишь такие министры, как Н.А. Маклаков или Штюрмер, согласные для сохранения министерских портфелей на нарушение любых законов.»^[63]

Начало XX столетия в жизни Российской Церкви, светским главою которой он был по законам Российской империи, ознаменовалось движением за реформы в церковном управлении, значительная часть епископата и некоторые миряне выступали за созыв всероссийского поместного собора и возможное восстановление патриаршества в России; в 1905 году имели место попытки восстановить автокефалию Грузинской Церкви (тогда Грузинский экзархат российского Святейшего Синода).

Николай, в принципе, соглашался с мыслью о Соборе; но полагал его несвоевременным и в январе 1906 года учредил Предсоборное Присутствие, а в феврале 1912 — Предсоборное совещание (при Синоде).

В его царствование было совершено беспрецедентно (для синодального периода) большое число канонизаций новых святых, причём на канонизации наиболее известного — Серафима Саровского (1903) — он настоял вопреки нежеланию обер-прокурора Синода Победоносцева; также были прославлены: Феодосий Черниговский (1896), Исидор Юрьевский (1898), Анна Кашинская (1909)^[64], Евфросиния Полоцкая (1910), Ефросин Синозерский (1911), Иосаф Белгородский (1911), Патриарх Гермоген (1913), Питирим Тамбовский (1914), Иоанн Тобольский (1916).