В 1803 г. было издано новое положение об устройстве учебных заведений, внесшее новые принципы в систему образования:

Уровни системы образования:

Всей системой образования ведало Главное управление училищ. Образовано 6 учебных округов, возглавляемых попечителями. Над попечителями были учёные советы при университетах.

Основаны пять университетов: в 1802 г. — Дерптский, в 1803 г. — Виленский, в 1804 г. — Харьковский и Казанский. Открытый в 1804 г. Петербургский Педагогический институт был преобразован в 1819 г. в университет.

1804 г. — Университетский устав предоставлял университетам значительную автономию: выборность ректора и профессуры, собственный суд, невмешательство высшей администрации в дела университетов, право университетов назначать учителей в гимназии и училища своего учебного округа.

1804 г. — первый цензурный устав. При университетах из профессоров и магистров были созданы цензурные комитеты, подчинявшиеся Министерству народного просвещения.

Были основаны привилегированные средние учебные заведения — лицеи: в 1811 г. — Царскосельский, в 1817 г. — Ришельевский в Одессе, в 1820 — Нежинский.

В 1817 г. Министерство народного просвещения было преобразовано в Министерство духовных дел и народного просвещения.

В 1820 г. направляется в университеты инструкция о «правильной» организации учебного процесса.

В 1821 г. начинается проверка выполнения инструкции 1820 г., проводившаяся очень жестко, необъективно, что особенно наблюдалось в Казанском и Петербургском университетах.