Две первые Государственные думы оказались неспособны вести регулярную законодательную работу: противоречия между депутатами, с одной стороны, и императором, с другой, были непреодолимы. Так, сразу после открытия, в ответном адресе на тронную речь Николая II левые думцы потребовали ликвидации Государственного совета (верхней палаты парламента), передачи крестьянам монастырских и казённых земель. 19 мая 1906 года 104 депутата Трудовой группы выдвинули проект земельной реформы (проект 104-х), содержание которого сводилось к конфискации помещичьих земель и национализации всей земли.

Дума первого созыва была распущена императором Именным указом Сенату от 8 (21) июля 1906 года (опубликован в воскресенье 9 июля^[33]), который назначал время созыва вновь избранной Думы на 20 февраля 1907 года; последовавший Высочайший манифест от 9 июля изъяснял причины, среди которых значилось: «Выборные от населения, вместо работы строительства законодательного, уклонились в непринадлежащую им область и обратились к расследованию действий поставленных от Нас местных властей, к указаниям Нам на несовершенства Законов Основных, изменения которых могут быть предприняты лишь Нашею Монаршею волею, и к действиям явно незаконным, как обращение от лица Думы к населенно»^[34][35]. Указом от 10 июля того же года приостанавливались занятия Государственного совета^[34].

Одновременно с роспуском Думы, вместо И.Л. Горемыкина на пост председателя Совета министров был назначен П. А. Столыпина. Аграрная политика Столыпина, успешное подавление смуты, яркие речи во II Думе сделали его кумиром некоторых правых.

Вторая дума оказалась ещё более левой чем первая, так как в выборах участвовали социал-демократы и эсеры, бойкотировавшие первую думу. В правительстве созревала идея о роспуске Думы и изменении избирательного закона; Столыпин не собирался уничтожить Думу, но изменить состав Думы. Поводом для роспуска стали действия социал-демократов: 5 мая на квартире члена думы от РСДРП Озоля была полицией обнаружена сходка 35 социал-демократов и около 30 солдат петербургского гарнизона; кроме того, полицией были обнаружены различные пропагандистские материалы, призывающие к насильственному свержению государственного строя, различные наказы от солдат воинских частей и фальшивые паспорта. 1 июня Столыпин и председатель Санкт-Петербургской судебной палаты потребовали от Думы отстранения всего состава социал-демократической фракции от заседаний думы и снятия неприкосновенности с 16 членов РСДРП. Дума не согласилась на требование правительства; следствием противостояния явился манифест Николая II о роспуске II Думы, опубликованный 3 июня 1907 года, — вместе с Положением о выборах в Думу, то есть новым избирательным законом. В манифесте указывался также и срок открытия новой Думы — 1 ноября того же года. Акт 3 июня 1907 года в советской историографии именовался «государственным переворотом», так как он вступал в противоречие с манифестом 17 октября 1905 года, по которому ни один новый закон не мог быть принят без одобрения Государственной думы.

По мнению генерала А.А. Мосолова, Николай II смотрел на членов Думы не как на представителей народа, а как на «просто интеллигентов» и добавлял, что совсем иным было его отношение к крестьянским делегациям: «Царь встречался с ними охотно и подолгу говорил, без утомления, радостно и приветливо.»^[36]